Ma quindi ora hai due applicazioni installate? La 5.4 e la 5.5?

Mah... se proprio ti da fastidio averla nella tua Home e se i file sono nominati in modo differente, potresti anche spostarlo. Male che vada, se riscontri problemi, lo puoi sempre riportare dov'era.

Più che altro, non capisco come mai sia andato a posizionarsi nella tua Home... Come l'hai fatto l'aggiornamento? Io vedo che in Jessie c'è la versione 2.8, in Stretch la 5.4 e in Sid la 5.5.

Esiste la gerarchia /usr/local con la stessa struttura di /usr che serve proprio per ospitare tutto ciò che non proviene dalla distribuzione ma è installato o compilato dall'amministratore.

Il file system di Linux (e di UNIX in genere) è organizzato per funzione, non per applicazione. Non c'è una directory per l'applicazione xxx con dentro tutti i suoi file, come avviene invece per Windows, ad esempio, in cui l'applicazione xxx avrebbe tutti i suoi file sotto C:\Programmi\xxx.

In Linux, se il pacchetto xxx comprende eseguibili, librerie, manuali e altri file, questi saranno installati, rispettivamente, in /usr/bin, /usr/lib, /usr/share/man e /usr/share/xxx (sto semplificando un po': di lib ormai ce ne sono un tot a seconda dell'architettura; oltre a bin c'è anche sbin per gli eseguibili destinati solo a root, sotto a man c'è man1 per i comandi, man5 per le configurazioni, ecc.).

Di solito il software che ci si compila o installa da sé è dotato di uno script per l'installazione che ammette che gli si specifichi il prefisso da usare per tutti i percorsi. È buona norma usare /usr/local in questi casi. Invece rastrellare dalle varie directory tutti i file già installati è un'impresa!

P.S. Per dovere di cronaca, devo anche dire che il file system Linux prevede anche una sezione a parte (/opt) per le applicazioni che insistono per essere installate in stile Windows. Quindi potrei creare una directory /opt/xxx con al suo interno una bin, una lib, e così via. Però poi dovrei correggere molte variabili d'ambiente perché eseguibili e librerie siano cercati anche in /opt/xxx/bin e /opt/xxx/lib, rispettivamente. Per questo motivo, la directory /opt resta vuota nella quasi totalità dei casi.