Il sistema di avvio basato su runlevel ha subito pesanti modifiche da Lenny a Squeeze. Con il metodo di prima, ad ogni script si doveva assegnare un numero tra 00 e 99 che determinava l'ordine con cui i vari script erano eseguiti. Con il metodo nuovo, ogni script dichiara di voler essere lanciato prima di alcuni script o dopo di altri, e un sistema automatico (insserv) determina la sequenza migliore.

Il tutto funziona solo se tutti gli script dichiarano le loro dipendenze. Il tuo messaggio di errore dice che il pacchetto dkms ha fornito uno script scritto ancora col metodo vecchio.

Fin qui era facile: ora arriva la parte in cui lucido la sfera di cristallo e indovino tutto quello che non hai detto. Tu avevi installato dkms in passato, poi l'avevi rimosso ma non con il purge, così il suo script di init (che è un file di configurazione) è rimasto. Poi non è mai più stato toccato (giustamente, perché dkms non era installato). Infine recentemente hai aggiornato sysv-rc o un altro pacchetto della serie che ora si affida completamente al metodo delle dipendenze.

Se è così, disinstalla (nel senso di purge) dkms:
apt-get --purge remove dkms 

A questo punto dovrebbe riprendere la configurazione di sysv-rc che aveva abbandonato a metà. Se così non è, forzala a mano:
dpkg-reconfigure sysv-rc