Il filesystem NTFS è regolarmente riconosciuto dal kernel Linux, quindi se hai un HD esterno formattato in quel modo vai tranquillo.

Per quanto riguarda il disco interno da 250GB, è TASSATIVO fare almeno la partizione di Root e la partizione Home!
Sinceramente, una monopartizione per file di sistema e configurazioni utente non saprei se e come potrebbe gestirla una distribuzione Linux...
Così facendo avresti solo da perderci.

Io direi di partizionare il disco interno in questo modo:

1. partizione di Root con filesystem ext4 da 15GB;
2. partizione Home con filesystem ext4 da 210GB;
3. spazio libero da 25GB.

Devi cercare di staccarti dalle abitudini "Windowsiane". Già in casa Microsoft le monopartizioni non hanno senso...