Non ho capito se vuoi riformattare i dischi e perdere tutti i contenuti o se devi migrare i dati al nuovo sistema. Nel primo caso, io andrei con Btrfs: quale migliore occasione di provarlo senza niente da perdere? Tra l'altro non ti serve alcuna guida o tutorial: ti basta scegliere Btrfs come file system durante l'installazione e il gioco è fatto.

Quanto al partizionamento, non c'è una filosofia giusta e una sbagliata: ognuno la pensa diversamente. Un amministratore "prudente" ti consiglierebbe di evitare LVM o altre configurazioni che mischiano i dati dei due dischi: meglio tenere le cose semplici, con file system che corrispondono alle partizioni fisiche. Nel tuo caso, probabilmente, un amministratore prudente dividerebbe il primo disco in 2 (oltre alla swap): un quinto per la root e il resto per la home, e sul secondo disco creerebbe una sola partizione chiamata "data" in cui salvare i file più grossi, le collezioni di video e MP3, ecc.

D'altro lato, gli "audaci" ti spingerebbero a provare le caratteristiche avanzate di bBrfs che permettono di combinare più partizioni, anche diverse, in modo analogo a un RAID, il tutto senza sovrapporre strati software uno sull'altro (il file system sopra LVM, a sua volta sopra DM, ecc.). Se ti interessa questo argomento, allora sì, avrai bisogno di una guida perché non è sicuramente contemplato nel manuale d'installazione di Debian! Vedi ad esempio questo messaggio.

Infine, esiste una pagina del wiki Debian. Forse ti conviene partire da lì..