Ciao e benvenuto, certo che puoi fare domande!
Prima di tutto un commento...vista la domanda non mi pare tu sia un esperto del mondo Linux, quindi un commento mi sorge spontaneo, la scelta di Debian Sid (unstable) da cosa deriva?  Non vorrei fare il gufo, ma non mi pare la scelta piu' saggia, ma questi in fondo sono affari tuoi
Per la scelta sull'uso dei dischi e delle configurazioni delle varie partizioni, le scelte si basano piu' che altro sull'esperienza, le esigenze e il gusto personale.
Non ti daro' una risposta, ma solo un mio personale commento, se non ti servono effettivamente tutti i 500Gb+500Gb allora il bilanciamento non mi pare una grande idea, il fatto e' che aumenti in egual modo le probabilita' di perdere dati in entrambi i dischi no?  La vita media del disco dipende dal suo utilizzo.
Io di solito tengo la partizione di /home separata perche' e' proprio concettualmente un direttorio diverso dal resto del sistema, la /home la puoi anche condividere su piu' distribuzioni (a patto di fare le cose per bene).  Per il resto terrei una copia di sicurezza dei documenti importanti sul secondo disco.  Ricordati che puoi aggiungere a piacere anche altre partizioni come ad esempio /archivio tanto per fare un esempio che uso io.

Spero di averti aiutato,
Marco