Montare i disci _è_ compito di root, indi, il comportamento è normale, questo vale tanto per un disco fisso quanto per una pennetta che per uno share samba (poi le pennette si montano in automatico come utente per ragioni diverse).
Il gioco è aggiungere all'fstab la riga corretta in modo che all'avvio root monti la home al posto giusto e con i permessi giusti in base al tipo di filesystem.
Nota, inoltre, che ubuntu può non usare la notazone /dev/sdXY per il mount delle partizioni, può lavorare con l' UUID (che fstab ti dice come tirare fuori), ed è univoco per ogni partizione (una sorta di hash direi) con quel metodo lì puoi spostare la partizione da un controller all'altro (forse, ma non ho provato, anche da un disco all'altro) senza problemi di riconfigurazione dell'fstab.