Il parametro riguarda la dimensione dei file di log di mysql (max_binlog_size). Lo ho abbassato da 100 M a 30M perchè ho poco spazio. Però non è quello il problema, infatti non riesce a stoppare il servizio.
Lo avevo provato anche prima di modifcare il my.cnf e lo stesso non riusciva a riavviarsi.
Ho letto da qualche parte di usare il comando:

# mysqladmin -u -p shutdown

però se non sono sicuro che funzioni non lo uso.
Se poi non mi riparte più il mysql il cliente mi in....

PS.: il server è su una macchina virtuale (non installata da me).