Installazione script in remoto

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Suppaman
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Iscritto: 01/09/2011
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Ciao a tutti e complimenti per il portale.
Premetto che sono quasi totalmente nuovo al mondo Debian e che comunque le operazioni per le quali chiedo informazioni saranno poi effettuate da una persona con le adeguate conoscenze tecniche, ma siccome a me piace capire come funzionano le cose, almeno per ciò che mi è possibile, eccomi qua...
Allora: ho un server dedicato con installato Debian 6 (64bit), con LAMP, phpmyadmin e webmin.
Su questo server devo installarci uno script (ecommerce) il quale sarà certificato SSL.
Per installare questo script (che sarà l'unico caricato sul server, o almeno questa è l'intenzione), come sarebbe meglio procedere?
Mi spiego: devo installare i file dello script direttamente nella cartella var/www (quindi var/www/file1, file2, file3...)o in una cartella all'interno di var/www (quindi var/www/mioscript/file1, file2, file3...)?
E' consigliato utilizzare l'utente root, oppure è meglio crearne uno "ad hoc"? Se sì come crearlo e settare i permessi?
E infine come puntare il dominio (che è su un altro fornitore di servizi, non lo stesso del server) affinché sulla barra degli indirizzi appaia come http://www.miosito.com e non http://xxx.xxx.xxx.xxx?
Spero di non essere andato OT e di avere qualche riscontro ai miei dubbi...
Grazie.