Molto strano... Il primo log diceva che i sorgenti del kernel dovevano essere in /usr/src/linux:
Citazione:Please install the package with full kernel sources for your distribution or use --with-kernel=dir option to specify another directory with kernel sources (default is /usr/src/linux).
Adesso invece dice che devono essere in
/lib/modules/.../source:Citazione:Please install the package with full kernel sources for your distribution or use --with-kernel=dir option to specify another directory with kernel sources (default is /lib/modules/4.9.0-6-686-pae/source).
A 'sto punto, prova a creare un link
ln -s /usr/src/linux /lib/modules/.../source
... il nome completo del kernel).
il file log era gia allegato nel mio post